Era hijo de Sebastián Martínez, organista del convento de las Descalzas Reales, Madrid, en 1594, mientras Tomás Luis de Victoria era maestro de capilla. El 17 y 18 de diciembre de 1594 compitió sin éxito contra Jerónimo Peraza (II) para el puesto de organista de la Catedral de Palencia. El 5 de abril de 1596 Felipe II lo nombró uno de los dos tecladistas nacidos en España en la capilla real de Lisboa, con un salario anual de 60.000 réis, comenzando con carácter retroactivo el 30 de noviembre de 1595.

Incómodo en un entorno portugués, volvió a España alrededor de 1598, primero como organista de la catedral de Cuenca y desde el 3 de junio de 1600 hasta como máximo el 16 de febrero de 1607 como organista de la Catedral de Málaga. Luego fue a Madrid, donde sucedió a Bernardo Clavijo del Castillo como organista de la capilla real española, continuando en ese puesto hasta su muerte.

Escribió un villancico de Navidad, "Canta missa de gallo un niño", para tres y cinco voces, que estaba en la biblioteca del rey João IV de Portugal.